El descobriment i valoració cultural de la Cova del Parpalló, des del 1872, així com l’existència d’un ric i variat patrimoni arqueològic a la comarca de La Safor, han estat reflexats en diverses investigacions científiques i en les activitats de prospecció i recollida de vestigis arqueològics per part d’aficionats i erudits locals, les quals han permés la creació del Museu Arqueològic de Gandia. Així, des de l’habilitació d’un petit magaTzem municipal per a materials arqueològics, a l’any 1960, van ser continues les sol·licituds d’instal·lacions més adients fins que, al juliol de 1972 i amb la col·laboració de la Diputació de València, s’inaugura oficialment el Museu Arqueològic de Gandia. Per diverses circumstàncies, el museu va ser tancat al públic l’any 1987. Des d’aleshores s’han realitzat treballs de camp, d’investigació i documentació dels fons del museu, així com la seua restaura-ció. Tanmateix, s’ha realitzat el nou projecte museogràfic per a l’Hospital de Sant Marc.
El conjunt monumental de l'Hospital de Sant Marc es troba situat l’extrem sud-est del recinte emmurallat medieval de Gandia, a la ribera esquerra del riu d'Alcoi.

Excavacions arqueològiques realitzades al solar de l’edifici han documentat una ocupació humana de la zona des de l’Edat del Bronze, així com restes d’una necrópolis ibérica. Tanmateix, s’ha descobert l’existència d’un antic vial que, tot continuant l’actual carrer de l’Hospital, conduia fins un portal de la muralla del segle XIV.
L'exposició permanent del MAGa gira temàticament al voltant de la prehistòria comarcal, des dels primers habitants del Paleolític fins a l'Edat dels Metalls, com a preàmbul a les societats urbanes jerarquitzades d'època protohistòrica, estant destinades per a aquesta finalitat les anomenades Sala d'Homes i Sala de Dones de l'antic hospital. Per a les succesives cultures i per a exposicions monogràfiques s'ha destinat l'espai de l'antiga església. El disseny del sistema expositiu, dotat amb mòduls interactius i servidors d'informació informatitzats, permetrà la incorporació de noves troballes i dels resultats de noves investigacions que puguen actualitzar i enriquir els continguts del museu.

A més de les dependències administratives, com a instal·lacions tècniques auxiliars per a desenrrotllar les funcions conservadora, investigadora i divulgativa pròpies de qualsevol museu, el MAGa compta amb laboratori de restauració, sala multiusos per a la realització de tallers didàctics, seminaris i projeccions audiovisuals, sala d'investigadors, arxiu documental i biblioteca auxiliar especialitzada en temes de patrimoni i d'arqueologia. Degut al continu increment de fons arqueològics, sobretot per les recents excavacions urbanes realitzades en el terme municipal, està en procés d'habilitació un edifici pròxim a l'Hospital de Sant Marc que permetrà acollir-los de forma sistematitzada i amb correctes condicions de conservació.